geb. 1954 in Straubing, studierte an der Musikhochschule München Klavier bei Rosl Schmid und Alfons Kontarsky, außerdem Musikwissenschaften, Philosophie und Kunstgeschichte an den Universitäten München und Salzburg. Seine Dissertation verfasse er zum Thema „Das expressionistische Musiktheater der Wiener Schule“. 

Er erhielt eine Professur für Klavier an der Staatlichen Hochschule für Musik Würzburg und eine Professur für Musikgeschichte an der Hochschule „Mozarteum“ Salzburg. Dort gründete er ein Forschungsinstitut für musikalische Hermeneutik. Seit dem Wintersemester 2002/03 hat er die Professur für Musikwissenschaft und die Leitung des Instituts für Historische Musikwissenschaft an der Hochschule für Musik und Theater München inne. Seit dem Wintersemester 2003/04 ist er Rektor dieser Hochschule. Für seine Verdienste erhielt er den bayerischer Kulturförderpreis. Seit 1990 ist er außerdem ordentliches Mitglied der Bayerischen Akademie der Schönen Künste.

Neben zahlreichen Veröffentlichungen gibt Siegfried Mauser Konzerte als Solist und Kammermusiker im In- und Ausland. Es existieren mehrere Schallplatteneinspielungen, darunter das komplette Klavierwerk von Paul Hindemith, Alexander Zemlinsky und Karl Amadeus Hartmann.